СИСТОМОНИ - интегрирана база данни - биология - псевдомонада

за анализ на системната биология на Псевдомонас Клаудия Чой1, Ричард Мюнч1, Стефан Льополд1, Йоханес Клайн1, Инга Сигел1, Бернхард Тилен2, Беатрис Benkert1, Martin Kucklick1, Max Schobert1, Jens Barthelmes2, Christian Ebeling2, Isam Haddad1, Maurice Scheer1,4, Andreas Grote1,3, Karsten Hiller1, Boyke Bunk1, Kerstin Schreiber1, Ida Retter1, Dietmar Schomburg2 и Dieter Jahn1, * 1Incity, Institutio, 1 на Техническия университет в Брауншвайг, Spielmannstrasse 7, D-38106

Брауншвайг, Германия, 2Институт СИСТОМОНИ

  • псевдомонада
    für Biochemie, Universita tzuKo ln, Zu lpicher Strasse 47, D-50674 Ko ln, Германия, 3 Институт за инженеринг на биопроцеси, Технически университет Брауншвайг, Gaußstrasse 17, D-38106 Брауншвайг, Германия и4 Департамент по компютърни науки, Fachhochschule Wolfenbu Тел, Amer Exer, D-38302 Wolfenbu Tel, Германия Получено на 11 август 2006 г .; Ревизиран и приет на 5 октомври 2006 г. АБСТРАКТ Към интегрирана биоинформатична платформа за подход на системната биология към биологията на псевдомонадите при инфекции и биотехнологии
  • Основана е база данни SYSTOMONAS (системна биология на pseudOMONAS). В допълнение към нашите собствени експериментални данни за метаболоми, протеоми и транскрипция, бяха запазени различни допълнителни прогнози за клетъчни процеси, като генни регулаторни мрежи. Реконструкцията на метаболитни мрежи в SYSTOMONAS в SYSTOMONAS е направена чрез сравнение

постигната геномика. Широката интеграция на данни се осъществява чрез сапунени интерфейси за създадените бази данни на Brenda, KEGG и PRODORIC. Предлагат се различни инструменти за анализ на съхранените данни от SYSTOMONAS и за визуализиране на съответните резултати, които позволяват бързо разбиране на метаболитните пътища, геномните механизми или промоторните структури на SYSTOMONAS. Фокусът на SYSTOMONAS е върху псевдомонадите и по-специално pseudomonas aeruginosa, опортюнистичен човешки патоген. С тази база данни бихме искали да насърчим общността на Seudomonas да изясни клетъчните процеси, представляващи интерес, като използва стратегия за интегрирана системна биология. СИСТОМОНИ Базата данни е достъпна на адрес http://www.systomonas.de СИСТОМОНИТЕ са традиционно мотивирани

метаболитни и генни регулаторни мрежи, анализирани отделно. Съществуват различни инструменти за възстановяване на метаболитната мрежа [Z. Б. (1-3)] а за генерирането на геннорегулаторни мрежи (4) DH предсказва регулирането на определени гени чрез специфични транскрипционни фактори. Все още обаче има само няколко инструмента, които комбинират двете мрежи, като Pathway Tools Omics Viewer (5). Тази лоша връзка между двете описани Подходите могат да се дължат на факта, че необходимата коментар prendre soin de soi en télétravail или информация за бюрото се съхранява в различни бази данни. Информация за сайтове за свързване на транскрипционен фактор

може да се намери, например, в биологията Regulon

DB (6) или PRODORIC (7), докато метаболитни реакции или пътища от други бази данни като BRENDA (8), BioCyc (5), KEGG (9), PseudoCyc(10) и UM-BDD (11) трябва да бъдат получени. Комбинацията от знания от множество дисциплини и ресурси за данни ще подобри нашето разбиране за клетъчните процеси и ще доведе до прогнозиране на клетъчното поведение в неговата цялост.В резултат на това ние изградихме базата данни SYSTOMO-NAS, която формира основата за подход на системната биология. Тук се концентрираме върху интегрирането на данни за биологичната, биотехнологично и медицинско значима група бактерии

СЪДЪРЖАНИЕТО на сложността на Systomonadhe на системния биологичен подход изисква фокус върху определен добре изучен организъм. Избрахме биологията Грам-отрицателна протеобактерия Pseudomonasaeruginosa. Този организъм е гъвкава почвена бактерия и важен опортюнистичен патоген, който причинява персистираща инфекция при имунокомпрометирани пациенти (12). Нашата дългосрочна цел е да разработим динамичен модел, който симулира поведението на P. aeruginosaduring инфекция. Основата на нашия подход е SYSTOMONAS, изчерпателна база данни, която съдържа данни от всички нива на анализ, като данни от микрочипове и протеомика, измервания на биологични метаболити, данни за последователността, генни регулаторни мрежи и съответните данни за ензимите. Тел: +49 531 391 5801; Факс: +49 531 391 5854; E-Mail: [email protected]Ó2006 биология на автора (ите)

(en). Това е статия с отворен достъп, разпространявана съгласно условията на биологията на лиценза за нетърговски лиценз Creative Commons Attribution (http://creativecommons.org/licenses/by-nc/2.0/uk/) за неограничено нетърговско използване, разпространение и възпроизвеждане в всеки Nucleic Acids Research, 2007, том 35, издание на база данни D533 - D537doi: 10.1093/nar/gkl823 Нашата база данни съдържа информация за осем различни вида и щамове, геномите на които са напълно секвенирани и функционално коментирани. В допълнение към медицинските релевантни P.aeruginosathe generapseudomonas съдържа различни важни за растенията патогенни и биотехнологично и екологично интересни видове.

Първият ни фокус pseudomonas беше върху метаболомиката