Биохимичен стаж II

1 Биохимичен стаж II 3-седмичен стаж в основния курс по биохимия WS 2010/11 Институт по биохимия Biozentrum Max-von-Laue-Straße Франкфурт на Майн Тел .:

2 Съдържание 1 Общ график Помощ за създаване на лабораторен протокол Биоинформатика Инструкции за приготвяне на буфери Пептиден транспортер TAP Мембранна подготовка от клетки на насекоми Sf9 (Експеримент 1 А) Етикетиране на пептиди с йодоацетамидфлуоресцеин (Експеримент 1В) Определяне на афинитета на свързване (KD стойност) на пептид към TAP (Експеримент 1С) Изследване на нуклеотидно свързване на TAP (Експеримент 1D) Пептиден транспортен анализ (Експеримент 1Е) Функционална характеристика на нуклеотидно свързващия домен на MDL Свръхекспресия на MDL1-NBD в Е. coli (Експеримент 2А) Пречистване на MDL1-NBD или MDL1 (E599Q) (Експеримент 2В) Тест за активност на АТРаза (Експеримент 2С) Димеризация на EQ мутанта (Експеримент 2D) Флуоресцентно охлаждане за определяне на константата на скоростта на димеризацията на MDL1 (E599Q) -NBD (Експеримент 2Е)

4 Общи положения 3 Изпитът за целия стаж BC-II (PEI, GSH, BC) и лекцията по биоаналитика ще се състоят в петък в 9:30 ч. В сградата на Biozentrum N100, стая 0,15. Резултатите ще бъдат публикувани във фоайето на Института по биохимия и публикувани най-късно на нашата начална страница. 50% от точките са необходими за полагане на изпита. Ръководител на стаж проф. Робърт Тампе PD. Д-р Rupert Abele Супервайзор Кристоф Балдауф д-р Katharina Ceh Irina Bangert Volker Gatterdam Gerda Gündisch Sabine Hulpke Kristin Kiosze Alexander Kleefen Noemi Labòria Tim Lin Sabine Schmidt Gerhard Spatz-Kümbel Franz Tumulka Agnes Wycisk

9 Помощ за създаване на протокол за стаж 8 Пример: BEISMANN-DRIEMEYER, S. и TAMPE, R. (2004): Функция на TAP антигенната транспортна машина в клетъчната имунна система Angew. Chemie 116, Библиографията е подредена по азбучен ред според първия автор! (За да създадете библиография, препоръчваме програмата Citavi (безплатно на началната страница на университета). F. Приложение В някои случаи следва приложение, което обикновено се състои от по-дълги таблици с данни за измерванията или по-големи цифри. Заключение Когато пишете протокола си, опитайте се да бъдете пълни и ясни Когато приключите с четенето на текста за правдоподобност, структура и формулировки, както и за правописни грешки, прочетете текста отново и/или помолете някой за помощ! Коментар Ако има смисъл, насърчават се отклонения от тези насоки, творчеството не се наказва!

17 Биоинформатика 16 Тази страница ви дава много информация за ACE2, включително изброяване на протеиновата последователност (в еднобуквения код) и ДНК последователността. Какво можете да кажете за функцията на ACE2? От кой организъм е клониран? Къде беше публикуван изследователският труд? Имайте предвид, че има връзка към Medline, която ви позволява да видите резюмето на статията.

18 Биоинформатика 17 Функциите на последователността включват региони като "cds" (кодираща ДНК последователност). Това ви казва кодиращата област на ДНК - областта, която е била преведена, за да даде протеиновата последователност. В коя позиция започва и завършва кодиращата последователност? Някои от записите в последователността съдържат повече от един ген. Погледнете номера за присъединяване X (Можете да извършите търсенето отново или да използвате бутона за връщане назад в браузъра си, за да го намерите). Покажете тази последователност в графичен формат (от връзка в горната част на страницата). Трябва да видите страница като тази по-долу. Разгледайте връзките на тази страница, за да видите другата налична информация за този регион. Менютата Limits и Preview/Index (и командите Search Fields) са много по-полезни при търсене на нуклеотидни и протеинови бази данни, отколкото при литературните бази данни. Тук можете да намерите списък на всички полета за търсене и техните кодове, използвани в базите данни за последователността в ръководството за помощ на Entrez. Пример: Използвайте Limits, за да намерите всички човешки последователности (с изключение на EST и STS), добавени към базата данни от 1998 г .:

20 Биоинформатика Колко нуклеотидни последователности (с изключение на EST) от хлоропластите на тютюна са в базите данни? 5. Очевидно „Кралят" се разклонява от рок-енд-рол към ДНК анализ на последователността дълго след съобщената му смърт. Намерете номерата за присъединяване на ДНК последователности, съобщени от Елвис Аарън Пресли. Задължително четене: Помощното ръководство на Entrez Entrez Преминете към следващото раздел.